Au détour des marécages, des mangroves, des forêts de plaine et de montagne, plus de 15 000 plantes, dont 6 000 endémiques, peuvent être rencontrées. Parmi les espèces figurent les orangs-outans et les éléphants de Bornéo ainsi que les plantes carnivores géantes, et d’autres espèces menacées comme le tigre de Sumatra et le rhinocéros de Sumatra.
Le bassin a perdu environ 80 millions d’hectares de forêts entre 2005 et 2015, ce qui se traduit par un taux de perte forestière d’environ 8 millions d’hectares par an. De cette perte forestière, l’Indonésie représentait près des deux tiers, suivi de la Malaisie, le Myanmar et le Cambodge.
La déforestation s’explique par une forte croissance démographique et une urbanisation exponentielle et pour des raisons exclusivement économiques afin de répondre aux besoins des industries de l’huile de palme, du caoutchouc, de la pâte à papier ou du commerce du bois. Ces transformations ne sont pas sans conséquences sur l’écosystème de l’archipel : diversité biologique en péril, contamination des nappes phréatiques et appauvrissement des sols dû à l’usage de pesticides. L’extension massive des cultures de palmiers à huile pour la fabrication d’agrocarburants pourrait entraîner la destruction des dernières forêts primaires de la zone.
D’un point de vue politique, l’Association des Nations d’Asie du Sud-Est (ASEAN) regroupe 10 États membres, l’Indonésie, la Malaisie, Singapour, la Thaïlande et les Philippines, le Brunei, le Vietnam, le Laos, le Myanmar et le Cambodge, ayant pour but de renforcer la coopération entre ses membres et d’offrir un espace pour régler les problèmes régionaux et peser en commun dans les négociations internationales.